BIzarre, ca vient peut être du réglage du remplissage ?
J'ai eu un truc similaire, mais pas si prononcé, et dans les défauts, on devinait les motifs du remplissage interne (renfort 3D).
Essaie avec autre remplissage, une épaisseur plus importante ou une densité différente.
Mais bon, tes trous ont l'air bien gros quand même